伊莉雅是一個就讀穗群原學園的普通女孩，有一天被萬花筒之杖的人工天然精靈「魔法紅寶石」強制締結契約，成為「魔法少女伊莉雅eee。她在萬花筒之杖前任持有者遠坂凜的命令下，開始被迫幫忙回收階級卡片……